Fernandez ile devam eden kavgalara rağmen, Ronaldinho sezonunda takıma döndü ve kendisine 10 numaralı forma verildi. Takımdaki ikinci sezonundaki performansı ilk sezonuyla karşılaştırıldığında düşük olsa da, kulübüyle takdire değer bir performans gösterdi. 26 Ocak tarihinde Le Classique olarak adlandırılan Olympique de Marseille maçında 2 gol attı, ilk golü serbest vuruştan, diğer golü ise penaltıdan attı, maç bitti.[22]
Ronaldinho aynı sezonda Coupe de France'da etkili bir performans gösterdi. Yarı finalde kazandıkları Bordeaux maçında 2 gol atıp takımını finale taşıdı. Ronaldinho'nun bu performansı Parisli taraftarlar tarafından olumlu karşılandı. Auxerre ile oynadıkları finalde dakikada Jean-Alain Boumsong'un attığı golle final mücadelesini kaybettiler. Ronaldinho'nun performansına rağmen, kulüp ligi sırada tamamladı. Sezon sonunda Ronaldinho kulüpten ayrılmak istediğini açıkladı.[23]