Aziz Mahmud Hüdayi manevi bir işaretle Trakya'ya gitti.[kaynak belirtilmeli] Bir müddet sonra da Şeyhülislâm Hoca Sadettin Efendi vasıtasıyla İstanbul'a geldi. Küçük Ayasofya Camii tekkesinde hocalık yapmaya başladı. Bu arada Fatih Camii'nde, talebelere, tefsir, hadis ve fıkıh dersleri verdi. Burada kaldığı müddet içinde, ilim ve devlet adamlarına kadar uzanan geniş bir çevre edindi. Bu arada, Üsküdar'da kendi dergâhının bulunduğu yeri satın aldı. Buraya dergâhını inşa eyledi. Dergâhında yüzlerce talebenin yetişmesi için çok uğraştı. Kısa zamanda namı her tarafta duyuldu. Akın akın talebeler dergâhına koştular. Hasta kalblerine şifa olan sohbetlerine kavuştular. Onun feyz ve bereketleri ile mârifetullaha kavuştular. Dergâh, en fakirinden en zenginine ve en üst kademedeki devlet ricâline kadar her tabakadan insanlar ile dolup taşıyordu. Devrin padişahları da ona hürmette kusur etmiyorlardı. III. Murad Han, III. Mehmed Han, I. Ahmed Han, II. Osman Han ve IV. Murad Han'a nasihatlarda bulundu. Dördüncü Murad Han'a, saltanat kılıcını kuşattı.
1595 yılında İranlılarla yapılan Tebriz seferine Ferhat Paşa ile beraber katıldı. Zaman zaman padişahların davetlisi olarak saraya gidip, onlarla sohbetlerde bulundu. Aziz Mahmud Hüdayi'nin, çeşitli camilerde vâaz vermesi için sevenleri devamlı taleplerde bulundular. O, Üsküdar İskelesindeki Mihrimah Sultan Camii ile Sultanahmed Camiinde belli günlerde vâaz vererek, insanlara feyz ve marifet sundu. Aziz Mahmud Hüdayi'nin talebesi olmakla şereflenmek için, herkes birbiriyle yarışıyordu. Bunların başında; Sadrazam Halil Paşa, Dilaver Paşa, Şeyhülislam Hoca Sadeddin Efendi, Şeyhülislam Hocazade Esad Efendi, Okçuzade Mehmed Efendi, İbrahim Efendi, Nevizade Atayi Efendi geliyordu. O zamanda Hüdayi Dergâhı, İstanbul'un en mühim bir kültür merkezi haline geldi. Pek çok alim yetişti.
Ölümü[değiştir kaynağı değiştir]
Mahmud Hüdayi otuz üç yaşında iken, hocası Nazırzâde ile Bursa'ya geldi. Üç sene Ferhâdiye Medresesinde müderrislik yaptı. Üç sene sonra, hocasının vefâtı ile Bursa kadılığına getirildi. Bursa kadısı olarak vazifeye başlayan Mahmud Hüdayi, kadılığı esnasında bir gece rüyasında Cehennem'i ve Cehennem'in ateşinde tanıdığı bazı kimselerin yandığını gördü.[kaynak belirtilmeli] Bu korkunç rüyanın verdiği dehşet ve üzüntü içindeki günlerde, bir hanım bir dava getirdi. Bu davadan sonra Bursa kadılığını bıraktı ki, hadise şöyle idi: Bu hanımın fakir kocası "Eğer bu sene de hacca gidemezsem seni üç talak ile boşadım." demişti ve o günlerde Bursa'da, halkın manevi terbiyesi işi ile meşgul olan Muhammed Üftade'nin yardımı ile 2 günde hacca gidip geldiğini iddia etmekteydi. Kadı hayret ederek, mahkemeyi hacıların dönüşüne bıraktı. Aradan günler geçti. Bursalı hacılar geldi. Mahkeme gününde şahid olarak, fakirin hacca gittiğini, hatta verdiği emanetleri getirdiklerini bildirdiler. Kadı, şahitlerin verdiği bu ifade ile davacı hanımın nikâhı bozma isteğini reddetti.